在广袤无垠的宝可梦世界中，有一个古老而神秘的传说，讲述了一个因天灾地祸而一夜之间消失的都市。这个都市被称为“失落之城”，据说它曾是宝可梦文明的中心，人们将宝可梦视为超自然的力量，加以崇拜和利用。然而，随着一场突如其来的灾难，这座城市连同它的宝可梦文明一同消失在了历史的长河中。
多年后，一支由多学科专家组成的考古团队在波多罗山进行深入的考古挖掘。他们的目标是揭开这座传说中的城市的秘密，寻找那些失落的宝可梦文明的线索。在一次偶然的机会下，他们发现了一个隐藏在岩石碎片中的神秘遗迹。这个遗迹中藏着一个古老的宝可梦文明的遗物——金色之眼。
金色之眼是一件神秘的宝物，据说它拥有连接过去与现在的力量。在接下来的日子里，考古团队发现了更多的线索和宝物，包括一个无名熊和可达鸭的泥偶，这些物品似乎都与失落之城的传说有关，它们之间存在着某种神秘的联系。
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“雨轩，最近波多罗山来了一伙考古队，据说是在研究关于失落之城的研究，你感兴趣的话，可以去看看！”自从挑战完常青道馆后，雨轩就有些打不起精神来，大木博士对此很是担心，尽量的帮雨轩找点事情做，让他有点精神；他不知道的是，雨轩之所以对任何事情都没啥兴趣，是因为他在用心电感应和超梦探讨关于生命意义这个话题。
“好吧！我等会儿回去看看的！”雨轩没精打采的说道。既然已经决定了，雨轩也不拖拉，直接放出沙漠蜻蜓奔着波多罗山赶去。
在这里一位叫怀特的女博士接待了雨轩，还为其介绍了关于遗迹开发的最新成果，一块石板上的文字。石板上是这么写的:在遗迹里有一块石板上写着宝可梦的文字：
毁灭世界的两股力量
黑色的黑暗，染黑了天空
金色的眼眸，扰乱了气
把世界一分为二的争端
人们束手无策
异界之门在天空打开
此时出现了平一切的力量
化成圆球回到地平线以下
雨轩听了怀特博士的介绍，心中充满了疑惑和好奇。他看着石板上的文字，仿佛看到了一个神秘而危险的世界正在缓缓展开。