在遥远的马察市，小智一行人正踏上一段未知的旅程。当他们抵达这座城市的宝可梦中心时，却发现这里似乎有些状况。
“怎么会发生这样的事？难道是秋叶原博士那里出现了问题？”在马察市的宝可梦中心，乔伊小姐正焦急地处理着一份又一份的报告。她的眉头紧锁，眼神中透露出深深的担忧。宝可梦传送系统的故障，不仅影响了训练师们的日常训练，还可能对宝可梦的健康造成潜在的威胁。
小智一行人的到来，为她带来了一线希望。他们拥有丰富的宝可梦战斗经验和探险精神，或许能够找出问题的根源。乔伊小姐向他们详细介绍了目前的情况，并请求他们帮助调查故障原因。（乔伊内部信息，小智等人多次帮助乔伊解决问题）
小智一行人决定接受这个任务，他们深知这次的挑战不同于以往的任何一次冒险。他们需要运用智慧和勇气，面对可能出现的各种危险和困难。
“乔伊小姐，秋叶原博士的研究所在哪？我们帮你跑一趟吧！”小智一行人决定深入调查此事，他们了解到秋叶原博士是这方面的专家，但博士却不相信自己的系统会出现故障。于是，一行踏上了前往秋叶原博士研究所的旅程，希望能找到解决问题的关键。
“这里就是秋叶原博士的研究所吗？这也太……”
当他们抵达秋叶原博士的研究所时，眼前的景象让他们大吃一惊。这座破旧的洋房外壁已经蜕皮，一层厚厚的尘土覆盖在上面。走进屋内，昏暗的环境让他们感到一阵压抑。只有墙上的火烛发出微弱的光芒，勉强照亮了四周的一切。
在一层走廊的尽头，他们看到了用立体投影仪投射出来的秋叶原博士的头像。这个头像仿佛在注视着他们，让他们感到一阵莫名的紧张。他们继续前行，来到了最里面的房间。
在这里，他们看到了秋叶原博士研发的宝可梦传送系统的机器和资料，以及可以在电脑网络中随意遨游的多边兽。
“这个叫多边兽的家伙，是只宝可梦吗？听起来好厉害的样子！”对于小智来说，没见过的宝可梦更加具有吸引力。
“要说它是宝可梦，也不是不行，不过它擅长的不是对战，而是处理网路安全等相关问题，它可是我不可或缺的帮手！”秋叶原博士语气中满是自豪，这可是他的得意之作。雨轩在意的不是宝可梦传送系统的问题，而正是这只多边兽，多边兽自由穿梭网络世界，学习和处理问题的能力，都与人工智能有很大的联系，雨轩想获得多边兽的数据资料，用以研究和制造人工智能系统。
然而，就在这时，火箭队三人组突然闯入了这里，他们企图利用宝可梦传送系统的漏洞，将多边兽零号带走，利用它进入宝可梦传送系统，获得更多的宝可梦。
秋叶原博士见状，立刻启动了备份系统，试图阻止火箭队的行动。但是，火箭队三人组却不知道这一点，他们以为自己已经得手了。利用多边兽进入到了宝可梦传送系统的世界里,他们在这里利用多边兽的能力篡改数据，拦截了大量训练家传送的宝可梦。
“如果现在启动补丁包的话，火箭队三人组和多边兽就会被当成病毒被消灭，再也回不来了！”就在这时，秋叶原博士告诉小智一行人，如果直接修复系统，火箭队三人组可能会一同消失。
“麻烦就没有其他办法了吗？”雨轩虽说不是什么好人，却也不愿意三条生命就此消散，所以询问是否有其他的解决方案。
“我这里还有一只多边兽试验机，我可以用它将人传送进去，只要找到他们，并带回来就行了，不过你不行，多边兽你的超能力太高，虚拟的数据世界承载起来有压力，可能会导致系统世界的崩溃。”