蔡元培在文章里呼吁全体国民党党员“念党之危机，懔丧亡之无日，披发缨冠，共图匡济📫，扶危定倾，端视此举”，从而为蒋介🖚📋石发动政变做了舆论上的准备。
到了这一年的10月18日，蔡元培在国民党中.央党.🌶🃦务学校发表演讲，还在向青年学生灌输他的这一思想：
“本党在共.产.党捣乱的时候，下级党部和农工组织为他们所把🚬持，不许本党党员插足。他们🈐这种方法是很厉害的，是想把本党的基础抢了去。他们所做的工作，就是要消灭本党🆓🏋😞的工作。共.产党的农人工人运动，是欺骗农工的运动，不能够替农工谋实在的利益。”
1927年4月15日凌晨，国民党广东当局下令军警和其他武装开始在广州进行“清党”大🆄搜捕。萧楚女、刘尔崧、熊雄、邓培、李森、何耀全、张瑞成、李亦愚、毕磊、谭其镜、杨其纲、麻植、熊锐、邹师贞等100多位著名共产党人英勇牺牲。
仅在蒋介石的老家浙江，至1927年7月15日，杭州、宁波两地被捕的共产党人、革命群众及国民党左派就有400余人，其中117人被“清党委员会”残杀。至这年底，全浙江有1805人被捕，其中932人被杀。在另一些省份🃁，更是有过之无不及。在农民运动中遭到打击的豪绅们这时也纷纷反戈一击，在地方上积极捕杀共.产.党人、农.运首领。
清党运动迅速朝💸🖫着蔡🐧元培始料不及的方式和规模发展。🗷☨🁹
清党之初，浙江清党委员会枪杀二😞十🌱余名共.产.党人和革命群众。
蔡元培知道这件事后，很是痛心疾首，他提出了严厉批评：“我们不能随便杀人！昨天那样办，太荒唐！太草率！太不好了！此后必须谨慎注意。”
作为清党🏊的最初力推者，他提出清党务必执行的三原则：抓人必须调查清楚；定罪必须证据确实才可判决；杀人必须其人罪大恶极，提交清党委会员讨论决定后才可执行。
为劝🐌阻滥杀，蔡元培在1928年😞前后💋🐗⛩写下《追怀不嗜杀人的总理》一文。
言道：“总理致力革命四十年，不但政敌甚多，就是始信而终叛的人也不少；然而总理最反对暗杀，一切均以堂堂正正之革命军行之。😉⛈军行时自然不能没有死伤的人，然这是不得已而杀人，不是嗜杀。以汤芗铭的反复，并不念他的旧恶；以陈炯明的叛变，还许他们悔过效力；其他类似的人，从没有宣布过死刑。总理的不嗜杀人，可以公认了。”
但是，政治斗争的残酷，远非蔡元培所能预见和主导。这时的蒋介石🍘🈘等这些国民党内蔡元培的“老同志”，早把总理🝮🎠💝的风格抛到🖚📋了脑后，在权力争夺、残酷打击异己的道路上愈行愈远，蔡元培的规劝早已被这些人当成了耳边风。
在清🐌党期间，蔡元培曾亲自出面营救了诸多可能遭捕杀的共产党人和革命青年，如帮助被列入🆄清党黑名单的朱宜权等🝮🎠💝出走，保释被捕入狱的进步青年史良、郑观松。
1928年1月，蔡元培曾亲自🄵🁺致电武昌卫戍司令胡宗铎，要求他释放被捕的教育界人士。
言🚚道：“闻汉口第二中学学生颇有附和共.产.党者，因而连及徐校长昌期亦被监禁。但徐君实无共.党嫌疑，如蒙早日开释，无任感荷。”
现在，力主清党的人却一再为被清的对象说情、提供保护、援助。🚬