岛原之乱是的导火索是德川幕府厉行禁教，使用了火刑烧死耶教教徒，其中有一个标志**件便是“平山常成事件”。
平山常陈本是一艘朱印船的船长，因为坐船为中国式平底船，在从马尼拉回归日本途中，被荷兰船误认为是中国船而遭到逮捕。
在搜查平山船的时候，荷兰人意外地发现了两名西班牙传教士，于是如获至宝地进献给德川幕府。幕府经过审讯后，将平山常陈和两名传教士全都处以火刑，其余十二名船员也尽皆处死。
从此宗教迫害扩大为贸易限制，葡萄牙人首先遭到驱逐，然后是英国人，最后在宽永元年（耶历1624年）严禁西班牙船只来航。日本船只除朱印状外，还必须得到“老中奉书”才许出海，居住在外国的日本人也一律严禁归国，归国即被处死。
在这样的打击之下，天主教在日本很快就被压抑下去。
直到宽永十四年（耶历1637年）秋季，岛原半岛及其南方的肥后国天草群岛发生大饥荒，可是领主松仓胜家仍然按照旧例征收年贡，并将交不起年贡的农民残酷处死。
诚如恩格斯所言，宗教是精神上的鸦片，有止痛的功效。在残酷现实的压迫之下，农民纷纷投向耶教寻求精神解脱。而这又触犯了德川幕府的最大忌讳——神权对世俗权力的冲击，从而引发了新一轮残酷禁教。
同年十月二十日，在饥荒和宗教迫害的双重压力之下，岛原有马村发起一揆，杀死了松仓氏的代官林兵右卫门，并且攻破藩武器库。团团包围住了松仓氏的本城——岛原城，掀起了岛原之乱的幕布。
“岛原之乱的失败之因在于‘笼城困守’四个字。”杨威道：“幕府以十倍之兵，破城势在必得，恐怕除了我军，不可能有任何一支军队能够在这种情况下守住城池。他们的最佳策略就是呼啸蔓延，以‘免粮求活’为口号。发起更大范围的……一揆。”
杨威本来想用“变乱”，终觉得这些人其情可悯，终究还是选择了日人的说法“一揆”，回避了褒贬。
“只有做大了声势，才能够唤起信教大名的同情和关注，最终联合起来实行倒幕。”杨威道：“只要能够打出倒幕的口号，想来还会有许多浑水摸鱼的大名会加入进来。”
宗义真点了点头。别人不说，毛利家和岛津家是肯定不会放过这个机会的，对他们而言信什么教并不重要。重要的是与幕府为敌。而且信奉天主教的日本人高达数十万，一旦声势铺开，的确很有可能造成举国震惊的“一揆”。
“再下一步，”杨威道，“是沟通荷兰人。许以贸易好处，获得财货、军火上的支持。岛原之乱中，荷兰人的角色很重要：是他们的火炮轰击了民军的城池，轰破城墙。最终致使城破败亡。可他们在宗教上也信奉耶教，可见其是单纯为幕府小利所引诱。”
宗义真再次点了点头。已经对这个年轻得过分的明军参谋另眼相看。
“大战略上没有清晰的认识，即便战术上的胜利再多也注定会失败。”杨威说道：“岛原之乱实在是突发而起，如果在此之前能够派人联络大明介入，结果肯定是不一样的。”
魏云暗道：那时候正是崇祯十年，哪有余力来管日本人的闲事。